- Para ulama pada tahun 1943 mengusulkan kepada pemerintah militer Jepang agar umat Islam diberi kesempatan untuk ikut membela tanah air dengan dibentuk lascar khusus.
- Menjelang Kemerdekaan Indonesia 17 Agustus 1945, Masjkur diangkat menjadi anggota Dokuritsyu Junbi Iin Kai (Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia). Dewan ini bersidang mulai tanggal 18-22 Agustus 1945 yang menghasilkan pengesahan UUD 1945.
- Aktivitas beliau berlanjut menjadi anggota PPKI hingga diangkat menjadi menteri agama pada cabinet Amir Syarifudin.
- Kemelut politik yang terjadi di tingkat nasional dan bergantinya kabinet-kabinet be dalam waktu singkat, membuat Presiden mengambil kebijakan bahwa negara dalam keadaan darurat, sehingga Presiden membentuk Dewan Pertahanan Negara yang anggotanya terdiri dari sejumlah menteri dan pimpinan partai. Masjkur menjadi salah satu anggota Dewan Pertahanan Negara yang mewakili Partai Masyumi.
- K.H. Masjkur adalah salah seorang menteri yang lolos dari penangkapan Belanda. Ketika tentara hendak menangkapnya di rumah Terban Taman, K.H. Masjkur berhasil lolos lewat pintu belakang membawa puteranya Saiful Islam yang masih kecil, dan pergi meninggalkan Yogyakarta.
- Masjkur tidak terpikir bahwa ia sedang mengawali suatu perang gerilya yang berlangsung selama 7 bulan. Masjkur bergerilya, ke timur, sampai Ponorogo, Trenggalek (Kec. Gandusari, Kec. Dongko, Kawedanan Panggul), bergabung dengan Panglima Besar Jenderal Soedirman. Pertemuan itu sering dilukiskan sebagai pertemuan dua panglima, Masjkur sebagai panglima Hizbullah/Sabilillah, dan Soedirman sebagai Panglima TNI.
- Selama bergerilya banyak kegiatan yang dilakukannya, antara lain memberikan dorongan dan semangat kepada rakyat untuk terus berjuang melawan Belanda mempertahankan kemerdekaan, kemudian melakukan konsolidasi jajaran Departemen Agama dan membuat kebijakan-kebijakan yang perlu dilaksanakan oleh aparatnya. Selama perang gerilya itu Masjkur menjalankan fungsi sebagai Menteri Agama PDRI Komisariat Jawa. Moto yang mendorong keberanian K.H. Masjkur terjun di bidang militer adalah `Isy kariman au mut syahidan (Hidup mulia atau mati syahid) Moto itu pula yang ditanamkan kepada para pejuang yang bernaung di bawah panji-panji Islam.
